MTs Terpadu Yapisa - Megamendung, sejak Tahun 2006 menggunakan Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan (KTSP), dengan struktur Kurikulum sebagai berikut :
| No | Mata Pelajaran | Kelas 7 | Kelas 8 | Kelas 9 |
| 1.a | Al Qur'an - Hadist | 2 | 2 | 2 |
| b | Aqidah Akhlak | 2 | 2 | 2 |
| c | Fiqih | 2 | 2 | 2 |
| d | Sejarah Kebudayaan Islam | 2 | 2 | 2 |
| 2 | Pendidikan Kewarganegaraan | 2 | 2 | 2 |
| 3 | Bahasa dan Sastra Indonesia | 4 | 4 | 4 |
| 4 | Bahasa Arab | 2 | 2 | 2 |
| 5 | Bahasa Inggris | 4 | 4 | 4 |
| 6 | Matematika | 4 | 4 | 4 |
| 7 | Ilmu Pengetahuan Alam | 4 | 4 | 4 |
| 8 | Ilmu Pengetahuan Sosial | 4 | 4 | 4 |
| 9 | Seni Budaya | 2 | 2 | 2 |
| 10 | Pend. Jasmani, Olahraga dan kesehatan | 2 | 2 | 2 |
| 11 | Teknologi Informasi dan Komunikasi | 2 | 2 | 2 |
| 12 | Bahasa dan Sastra Sunda | 2 | 2 | 2 |
| Jumlah | 40 | 40 | 40 | |
